Мисията на ВВМУ “Н. Й. Вапцаров” е да формира необходимите знания, практико-приложни умения и лидерски качества на своите обучаеми, удовлетворяващи потребността от висококвалифицирани кадри за реализацията на общонационални задачи в сферата на националната сигурност, Военноморските сили на Р България и динамично развиващия се морски икономически сектор.
Реализирането на мисията се осигурява от успеха в постигането на цели, които следва училището , а именно:
Първата цел е свързана с подготовката на морски командни кадри с висше образование на световно равнище. За постигането й ВВМУ се ръководи от:
- утвърдилата се необходимост в национален и международен мащаб командните кадри във Военноморските сили и гражданския флот да имат висше образование;
- стремежа за поддържане на качеството на образованието в съответствие с държавните изисквания и критериите на развитите морски държави и международните морски и военни организации;
- разбирането, че подготовката във ВВМУ трябва да осигурява както пълноценно изпълнение на първичните командни длъжности във ВМС и гражданския флот, така и създаването на база за професионално израстване до най-високите постове в управление-то на военния флот и водния транспорт.
Втората важна цел е водещата роля на училището в решаването на научните задачи, възникващи пред ВМС и българското морско стопанство. Тя естествено кореспондира с образованието на командните кадри и предполага ВВМУ да продължава да се изгражда като комплексен учебно-научен център в областта на морската наука – самостоятелно и във взаимодействие с останалите научни организации и звена, ангажирани с морската проблематика. Постигането на тази цел се възприема и като условие за високо качество и съвременна тематика на преподаването.
Третата важна цел е повишаването на ефикасността и ефективността във всички сфери на дейностите, осъществени в училището.
Предмет на дейност на ВВМУ е обучението на кадри и решаването на научни задачи, свързани изключително с морските професии. Училището е специализирано, и със своята организация, специалности, учебно-материална база и възпитателни традиции съответства на спецификата на този предмет на дейност.
Основните задачи , които Морското училище дефинира за изпълнението на мисията си, са:
1. обучение на курсанти за ВМС за придобиване на висше образование с образователно-квалификационна степен “бакалавър” от област ите “Сигурност и отбрана” и “Технически науки”;
2. обучение на студенти за придобиване на висше образование с образователно-квалификационни степени „магистър” и “бакалавър” от областта “Технически науки”, за нуждите на гражданския флот (морски и за вътрешни водни пътища) и бреговите структури на водния транспорт и морската индустрия;
3. обучение на докторанти от областите “Сигурност и отбрана” и “Технически науки”;
4. обучение за придобиване и повишаване на квалификацията на специалисти;
5. извършване на научни и приложни изследвания в областта на отбраната на страната, военноморското дело, водния транспорт и морската промишленост;
6. обучение за придобиване на четвърта степен на професионална квалификация за професията „старшина за ВМС” и на матроси за придобиване на начална военна подготовка;
7. други дейности, свързани с отбраната на страната, възложени от Министъра на отбраната.
Мисията и целите на училището са синхронизирани с националните стратегически задачи. Още при основаването му е заложена традицията да осигурява с морски технически кадри националните потребности.
Освен с националните стратегически задачи, мисията на училището е съгласувана и с регионалната политика, тъй като спектърът от взаимосвързани дейности, формиращи морското и речно стопанство в района на Черноморието и по р. Дунав, е широк и включва ускорено развитие, под влиянието на общоевропейски икономически и политически фактори, на корабната превозна и пристанищна дейност, корабостроенето и кораборемонта, морското строителство, добива на суровини от морето и морското дъно, риболова, водния туризъм, защитата на корабоплаването и водните граници, научните изследвания в интерес на корабоплаването и опазването на морската среда, и т.н. Организирането и провеждането на всички тези дейности се нуждае от високоподготвени технически специалисти.